En çok istedikleri şeye sahip olabilmek için amatörce yöntemleriyle bu gücü elde etmeye çalıştıklarında, iki kardeş olan Edward ve Alphonse Elric’ten biri kolunu ve bir bacağını kaybetmiş, diğeri de yaşayan bir çelik parçasının içine tıkılıp kalmış bir ruha dönüşüvermiştir. Edward artık bir hükûmet ajanıdır ve askeri bir simya tesisinde çalışmaktadır. Benzersiz güçlerini emirlere uymak, hatta öldürmek için kullanır. Ancak Edward, başkalarının da aynı güçlere sahip olduğunun farkında değildir.

Simyanın aşırı kullanımı sonucunda dünya adeta bir cehenneme döner. En değerli simya hazinesi Felsefe Taşı’nı ele geçirmeye çabalayan düşmanları, kahramanlarımızdan çok daha zalim ve acımasızdırlar.

Ed Resembool’a döner ve yıllardır görmediği babası Hohenheim ile karşılar. Babası onu görmekten mutlu olmasına rağmen, Ed onları bırakıp gittiği için babasına karşı büyük bir öfke duyar. Ancak Ed’in babasına duyduğu bu yoğun öfke yıllar önce teşebbüs ettikleri insan dönüşümü hakkında önemli bir gerçeği keşfetmelerini sağlar. Annelerini kısmen dirilttiklerini düşünürken aslında yaptıklarının bambaşka bir şey olduğunu anlarlar ki bu, kaderlerini sonsuza kadar değiştirebilecek bir keşiftir.